Mezcla la cerveza, 40 ml de aceite, el ajo, la cebolla larga, el comino, el achiote, la sal y la pimienta en un recipiente amplio.
Seca los cuyes con papel de cocina y úntalos por dentro y por fuera con el adobo. Cúbrelos y refrigéralos durante 6 horas, dándoles la vuelta una vez. Mantén el recipiente refrigerado durante todo el reposo.
Coloca las papas en una olla, cúbrelas con agua y añade la cucharadita de sal. Cuécelas durante 20 a 25 minutos, hasta que un cuchillo entre con poca resistencia. Escúrrelas y mantenlas calientes.
Precalienta el horno a 220 °C. Retira los cuyes del adobo y desecha el líquido usado. Sécalos ligeramente, déjalos reposar 20 minutos fuera del refrigerador y colócalos con la piel hacia arriba sobre una rejilla puesta encima de una bandeja. Pincela la piel con los 20 ml de aceite limpio.
Hornea durante 25 minutos a 220 °C. Reduce la temperatura a 190 °C y continúa el asado entre 45 y 55 minutos, hasta que la piel esté dorada y crujiente y la parte más gruesa del muslo alcance 74 °C.
Mezcla el tomate de árbol, la cebolla larga, el cilantro, el jugo de limón y la pizca de sal. Déjalo reposar 10 minutos; debe quedar fresco, ligeramente ácido y con la cebolla menos agresiva.
Retira los cuyes del horno y déjalos reposar 10 minutos antes de cortarlos. Sírvelos con las papas pastusas calientes y el ají de tomate de árbol.