Precalienta el horno a 220 °C. Corta los calabacines en láminas de 3 a 4 mm, colócalos en una bandeja, úntalos con 10 ml de aceite y espolvorea una pizca de sal. Ásalos durante 10 minutos, hasta que se ablanden ligeramente y la superficie pierda parte del brillo húmedo. Retíralos y baja el horno a 200 °C.
Calienta 15 ml de aceite en una sartén a fuego medio. Cocina la cebolla durante 5 a 6 minutos, hasta que esté blanda y ya no huela cruda. Añade el ajo y remueve durante 30 segundos, sin dejar que se dore.
Incorpora el tomate triturado, la pimienta y parte de la sal. Cocina de 15 a 18 minutos a fuego medio-bajo, removiendo de vez en cuando, hasta que la salsa espese y la cuchara deje un surco breve en el fondo.
Agrega el atún bien escurrido y mezcla durante 2 a 3 minutos, lo justo para calentarlo y distribuirlo sin deshacerlo por completo. Prueba y ajusta la sal.
Engrasa una fuente de aproximadamente 20 x 20 cm con los 5 ml de aceite restantes. Coloca una capa de calabacín, reparte una parte del sofrito de atún y añade un poco de queso. Repite hasta terminar los ingredientes y deja una capa final de queso.
Hornea a 200 °C durante 20 a 25 minutos, hasta que los bordes burbujeen y el queso esté fundido con zonas doradas. Deja reposar la lasaña 10 minutos antes de cortarla para que las capas se asienten.