Calienta el aceite en una sartén amplia a fuego medio. Sofríe la cebolla durante 5 a 7 minutos, hasta que esté translúcida y haya perdido el olor crudo. Añade el ajo y cocina 30 segundos, sin dejar que se dore. Incorpora el tomate, el azúcar, el orégano, la pimienta y la sal.
Cocina la salsa a fuego medio-bajo durante 20 a 25 minutos, removiendo de vez en cuando, hasta que espese y cubra la cuchara. Prueba y ajusta la sal o el azúcar si hace falta.
Mientras se reduce la salsa, hierve el agua con la sal gruesa. Cuece los macarrones durante 8 minutos o según el tiempo indicado para dejarlos firmes en el centro. Escúrrelos muy bien sin lavarlos.
Precalienta el horno a 220 °C. Extiende una capa fina de salsa en una fuente de aproximadamente 30 x 22 cm. Añade parte de los macarrones, más salsa y queso, y repite las capas hasta terminar. Reserva suficiente queso para cubrir la superficie.
Cubre la última capa con el queso restante y distribuye encima la mantequilla en cubos pequeños. Hornea durante 15 a 20 minutos, hasta que la salsa burbujee en los bordes y el queso esté fundido y dorado.
Retira la fuente y déjala reposar 5 minutos para que la salsa se asiente. Sirve los macarrones calientes, procurando que cada porción conserve pasta, salsa y queso gratinado.