Calienta el aceite en una cazuela y sofríe la cebolla a fuego medio bajo hasta que pierda el olor crudo y esté transparente. Añade el ajo y cocínalo unos 30 segundos, sin dejar que se dore. Incorpora el tomate triturado, el laurel y las hierbas, y cocina a fuego bajo durante 25 a 30 minutos, hasta que la salsa se vea espesa y cubra la cuchara. Retira el laurel y las hierbas, ajusta la sal y reserva.
Corta los calabacines en rodajas, sazónalos ligeramente y pásalos por harina. Calienta el aceite en una sartén y fríe las rodajas en tandas hasta que estén tiernas y apenas doradas en los bordes. Escúrrelas sobre papel absorbente para retirar el exceso de grasa.
Hierve el agua con sal y cocina los macarrones dos minutos menos de lo indicado en el paquete, para que terminen de hacerse en el horno. Escúrrelos, mézclalos con la mantequilla mientras están calientes y remueve hasta que queden ligeramente brillantes.
Precalienta el horno a 180 °C. En una fuente de aproximadamente 20 x 30 cm, coloca capas alternas de macarrones, calabacín, salsa de tomate y mozzarella. Termina con una capa de salsa y el resto de la mozzarella para que la superficie se gratine de manera uniforme.
Hornea durante 15 minutos, hasta que la salsa burbujee en los bordes y el queso esté fundido con algunas zonas doradas. Deja reposar cinco minutos antes de servir para que las capas se asienten y las porciones no se desarmen.